Konusu Japonya'nın Academy City bilimi ön planda. Teknolojik olarak dünyadan 30 yıl ileride olmanın yanı sıra, bu tuhaf şehir nüfusunun dörtte üçünden fazlası çeşitli kurumlarda psişik yeteneklerini geliştiren öğrencilerden oluşuyor. Bu öğrenciler arasında, en düşük psişik rütbesine sahip bir lise çocuğu olan Touma Kamijou var ama gizemli bir güce sahip olan hiçbir bilim adamı anlayamaz: “Hayal Kırıcı”, bu onun diğer doğaüstü yeteneklerini reddetmesine izin verir.
Bununla birlikte, bu, Kamijou'nun hayatını en azından düzenli bir gençlik rolünü oynadığı sürece etkilemez; yani, yasaklanan hevesleri bütünüyle ezberleyen genç bir kız olan İndeks Librorum Prohibitorum'u karşılayana kadar ve şimdi tehlikeli bir kuruluş İndeks'i avlıyor. Kıza zarar vermek isteyen birçok sihirbazla Kamijou, doğaüstü bir garip yeni alemini keşfederken, yeni yoldaşını ne pahasına olursa olsun savunacak.