Konusu Sihir dünyası ve Akademi Şehri arasındaki gerilimler artmaya devam ederken, Touma Kamijou ve olumsuzlama eli etrafındakilerin hayatlarını korumak için hem esper hem de sihirbazla yüzleşmelidir. Tabii ki, savaşında yalnız değil; onun yanında ya da görüş alanı dışında, hem eski hem de yeni müttefikler ve düşmanlar ona yardım etmek için istekliye gireceklerdir.
Toaru Majutsu no Index II, Touma ölçeğinde ve müttefiklerinin savaşları büyüdükçe, aksiyon ve komedi hikayesini sürdürüyor. Bir ufukta yavaş yavaş bir çatışma ortaya çıkıyor ve sihir ve bilim gelecek savaşta tekrar yolları geçecek.