Konusu Akademi Şehri, teknolojik anlamda oldukça gelişmiş bir yerdir. Dünyanın geri kalanından 20-30 sene ilerde olduğu söylenmektedir ve 2.3 milyonluk nüfusunun %80'i öğrencidir. Bu şehirde verilen dersler esper güçlerine odaklanmıştır. Bölgedeki en üst seviye esper'lerden biri olan Misaka Mikoto, öğrencilerden oluşan ve kanunlarla düzeni koruyan Judgement üyesi, başka bir yüksek seviye esper olan Kuroko Shirai ile aynı odayı paylaşmaktadır. İkisi de yüksek seviyeli ve zengin öğrenciler için kurulmuş özel Tokiwadai okuluna gitmektedir. Sakuwadai ortaokulunda okuyan düşük seviyeli arkadaşı Kazari Uiharu, Kuroko'nun Judgement'deki iş arkadaşıdır. Onun en iyi dostu ve sınıf arkadaşı ise esper gücü olmayan sıfırıncı seviye Ruiko Saten'dir. Bu dördü hep beraber heyecan verici bilim şehrinde birbirinden farklı macerayla karşılaşırlar.