Konusu Birkaç yıl önce Dünya'yı yok ettikten sonra, Gauna uzaylı ırkı, çok az sayıda dev tohum gemisinde galakside kaçan, insanlığın kalıntılarını takip ediyordu. 3394 yılında, Nagate Tanikaze, yaşam boyu süren tecritten, Sidonia gemisi altında derinlerde yiyecek arayışı altında, yalnızca kendisini bilmeden ortaya çıkan olaylara sürüklenmiş olarak bulmak için yüzeye çıkar.
Gauna, Sidonia'ya saldırmaya başladığında, insanlığın hayatta kalması için son umudunu savunmak ve yabancı düşmanlarını yenmek için askerlerinin ve arkadaşlarının Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose ve Yuhata Midorikawa'nın yardımıyla Tanikaze'ye kalmış. Sidonia hiçbir Kishi, Tanikaze'i takip eder ve hayatı boyunca onun üstünde olan dünyayı keşfeder ve Sidonia'nın ihtiyacı olan kahraman olur.